组织指导大中型灌排工程建设与改造，指导农村饮水安全工程建设管理工作。指导节水灌溉有关工作。承担水能资源的监督管理工作。组织拟订农村水能资源开发规划，指导水电农村电气化、农村水电增效扩容改造以及小水电代燃料等农村水能资源开发工作。指导农村水利改革创新和社会化服务体系建设。

负责大中型水库移民管理工作，参与审核大中型水利工程移民安置规划和后期扶持规划并组织实施，指导监督大中型水库的移民搬迁安置和后期扶持工作，组织实施大中型水库移民安置验收和监督评估等制度。按规定管理大中型水库移民资金。协调推动市内水库移民对口支援工作和协调处理三峡移民工作。